複数の領域を続けて「エリア作成」すると、同一エリアとして作成されてしまいます。

離れているエリアでも、続けて選択した場合、同一のエリアとして認識される場合があります。
個々のエリアとして作成するには、同一のエリアとして作成されたエリアを選択してアクティブにし(緑ラインで表示)「マスキング」→「エリアの分割」の操作を行うとそれぞれのエリアが分割して作成されます。