「マスキング」作業の途中、作業を中断したい場合、作成したマスキングデータを保存することはできますか?

はい。
「ファイル」→「マスキングを保存」でマスキングデータを保存できます。
マスキング作業を再開するには、「ファイル」→「画像を開く」で建物画像を開き、「マスキングを開く」からマスキングデータを読み込みます。