「オートマスキング」を行ったら、影の有無によりひとつの壁面内が複数にエリア分けされてしまいます

同一壁面内の複数のエリアを選択して、「エリアの結合」機能でひとつのエリアに結合することができます。彩色した際には影の陰影もカラーシミュレーションに反映されます。